Page d'aide du portail - Recherche de données
- Détails
- Publié le mercredi 19 octobre 2011 07:23
- Écrit par Andry Rakotomanjaka
Introduction
A quoi sert le portail REBIOMA?
Le portail REBIOMA a été créé afin de faciliter la communication et l'échange d'informations relatives à la biodiversité de Madagascar. Il permet le partage des données de d'observation des espèces ainsi que des modèles de niches écologiques développés pour la faune et la flore de l'île, à la fois marines et terrestres.
Le projet REBIOMA est le fruit d'une coopération entre WCS-Madagascar et l'Université de Californie - Berkeley. Pour en savoir plus, le site internet du projet est consultable à l'adresse suivante: http://www.rebioma.net (le site est consultable en langue française: sélectionner "français" dans le menu en haut à droite de la page d'accueil). Pour des informations plus générales sur le projet REBIOMA, veuillez vous reporter à la page http://www.rebioma.net.
Comment ça marche?
Le portail REBIOMA est dédié au partage des données d'observation des espèces ("occurrence data"). En cliquant sur chargement des données, les données sont automatiquement testées pour validation selon leur cohérence géographique et taxonomique (via la taxonomic authority). Le fournisseur des données peut, durant la procédure de chargement, décider du degré de divulgation de ses données (public, privé, ou en partage restreint avec sélection des bénéficiants). Des indicateurs de qualité, décernés par les scientifiques en charge de la vérification et révision des données, permettent, en plus d'une information à l'usage de l'utilisateur, une sélection des données les plus pertinentes en vue d'une exploitation pour modélisation de niches écologiques ou pour évaluation de l'efficacité des mesures de conservation. L'utilisateur dispose par ailleurs de différents outils de recherche d'information mis à sa disposition par REBIOMA (voir plus loin: recherche directe simple et recherche avancée). REBIOMA propose de plus pour les espèces terrestres des modèles de niches écologiques prenant en compte différents scénarios climatiques, présent et futurs.
Quel est le rôle du Taxonomic Review Board (TRB)?
Le Taxonomic Review Board est un groupe d'experts chargés d'assurer, selon leur domaine d'expertise, l'actualisation de la référence taxonomique (Taxonomic authority) et de vérifier la qualité des données de répartition des espèces chargées sur le portail. Cette opération de contrôle, détaillée plus bas (se reporter aux sections Vérificateurs et Contrôle de la qualité des données), constitue la clé de voûte de REBIOMA. Les noms des membres du Taxonomic Review Board sont précisés ici.
Trouver un site
Si vous souhaitez accéder à un site géographique particulier, vous pouvez, en vous plaçant en mode d'affichage Carte, entrer le nom du site recherché dans la barre de recherche se trouvant sur la carte elle-même. Cliquez sur "Go" pour lancer le moteur de recherche, qui va alors explorer les noms de l'index géographique de GoogleMaps. Attention: certains noms peuvent ne pas figurer sur cet index, vouant à l'échec la recherche. D'autre part, l'index géographique ne renvoie qu'un seul emplacement pour chaque nom donné.
Recherche rapide de données d'observation
Il y a différentes façons de rechercher des données d'observation sur le portail REBIOMA. La méthode par défaut consiste à utiliser la barre de recherche située en dessous du logo "REBIOMA" qui est présente en mode d'affichage Carte ou Liste, à droite de l'inscription "Pour l'espèce". Entrez le nom latin de l'espèce désirée (genre et espèce, ou genre seulement, ou espèce seulement, comme par exemple "Lemur catta") dans la barre de recherche. Le portail retourne par défaut "Toutes les données évaluées fiables" qui correspondent au nom entré. Si aucun résultat n'est retourné, cela signifie soit qu'il n'y a pas de donnée d'observation enregistrée sur le portail pour l'espèce en question, soit qu'il n'y a pas encore d' enregistrement "Toutes les données évaluées fiables" (certifié) pour cette espèce. Ainsi, afin de trouver des enregistrements sur le portail pour certaines espèces, il peut être utile de modifier le filtre de recherche, ou bien de lancer une recherche avancée. Les deux méthodes sont décrites ci-dessous. Si vous souhaitez rechercher tous les enregistrements présents sur le portail REBIOMA (via un filtre donné de recherche), laissez simplement la barre de recherche vide.
Recherche rapide par filtre de recherche
Les filtres de recherche rapide sont très pratiques pour limiter le nombre total d'enregistrements recherchés. Quatre filtres au total peuvent être appliqués: 1) le filtre données d'observation, 2) le filtre erreur de valisation, 3) le filtre partage, et enfin 4) le filtre confidentialité. Ces filtres ne sont pas forcément tous visibles simultanément, cependant le filtre "données d'observation" reste apparent en permanence et est toujours appliqué aux recherches. C'est de plus le seul filtre visible par un utilisateur simple (c'est-à-dire anonyme). Tous les filtres, lorsqu'ils sont visibles, sont coordonnées avec le booléen "et". Ces filtres se rajoutent par ailleurs aux spécifications entrées dans la barre de recherche intitulée "commence par", suivie de celle intitulée "contient" dans le champs "Accepted Species". Enfin, l'ensemble de ces filtres et spécifications est juxtaposé à tout terme de recherche avancée s'il y en a, en utilisant encore une fois le booléen "et". Choisir par exemple l'option "Toutes les données" dans le filtre "données d'observation", puis entrer "catta" dans la barre de recherche, délivre tous les enregistrements qui contiennent le terme "catta". De la même façon, choisir l'option "Toutes les données évaluées fiables" dans le filtre de recherche "données d'observation" et entrer "Eulemur fulvus" dans la barre de recherche délivre toutes les données évaluées fiables qui commencent avec les termes "Eulemur fulvus". Veuillez vous reporter au paragraphe suivant pour un exemple de recherche avancée.
Le tableau ci-dessous décrit les différentes options du filtre de recherche "observations":
Filtre "données d'observation" | Ce filtre cherche dans la section: | Utilisateur simple | Chercheur | Vérificateur |
Toutes les données évaluées fiables | Toutes les données évaluées comme fiables | oui | oui | oui |
Toutes les données évaluées contestable | Toutes les données qui n'ont pas été évaluées comme fiables | oui | oui | oui |
Toutes les données en attente d'évaluation | Toutes les données qui n'ont pas encore été évaluées | oui | oui | oui |
Les données non validées | Toutes les données qui n'ont pas passé la validation automatique | oui | oui | oui |
Toutes les données | Toutes les données publiques | oui | oui | oui |
Mes données à évaluer | Les données en attente d'évaluation par l'utilisateur | oui | ||
Données que j'ai évaluées fiable | Les données évaluées fiable par l'utilisateur | oui | ||
Données que j'ai évaluées fiable | Les données évaluées contestable par l'utilisateur | oui | ||
Mes données évaluées fiable | Les données de l'utilisateur évaluées fiable | oui | oui | |
Mes données évaluées contestable | Les données de l'utilisateur évaluées contestable | oui | oui | |
Mes données en attente d'évaluation | Les données de l'utilisateur en attente d'évaluation | oui | oui | |
Mes données non validées | Les données de l'utilisateur qui n'ont pas passé la validation automatique | oui | oui | |
Mes données | Les données à la fois publiques et privées de l'utilisateur | oui | oui |
Filtre "erreur de validation" | Ce filtre cherche dans la section: | Utilisateur simple | Chercheur | Vérificateur |
Toutes les erreurs de validation | Toutes les données présentant une erreur de validation | oui | oui | oui |
Année de collection | Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de l'année de collection | oui | oui | oui |
Genre | Toutes les données présentant une erreur de validation à propos du genre | oui | oui | oui |
Nom Epithète | Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de l'épithète spécifique | oui | oui | oui |
Latitude | Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de la latitude | oui | oui | oui |
Longitude | Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de la longitude | oui |
oui | oui |
Classification taxonomique | Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de la classification taxonomique | oui |
oui |
oui |
Le tableau ci-dessous décrit les options du filtre "partage". Seuls les utilisateurs enregistrés sur le portail peuvent partager des données avec des collaborateurs.
Filtre "partage" | Ce filtre cherche dans la section: | Utilisateur simple | Chercheur | Vérificateur |
Tous, partagés ou non | Toutes les données, qu'elles soient partagées ou non | oui | oui | |
Partagés avec moi | Toutes les données partagées avec l'utilisateur | oui | oui |
Le filtre "confidentialité" s'applique uniquement aux données de l'utilisateur enregistré sur le portail, à une exception près: grâce à l'accord de partage de l'information, les vérificateurs peuvent chercher des données privées qui ne leur appartiennent pas mais qu'ils sont autorisés à évaluer, en utilisant le filtre
"My Occurrences to Review" décrit ci-dessus. Les options du filtre "confidentialité sont décrites dans le tableau ci-dessous.
Filtre "confidentialité" | Ce filtre cherche dans la section: | Utilisateur simple | Chercheur | Vérificateur |
publique et privé | Toutes les données de l'utilisateur, qu'elles soient partagées ou non | oui | oui | |
publique | Les données de l'utilisateur déclarées publiques uniquement | oui | oui | |
privé | Les données de l'utilisateur déclarées privées uniquement | oui | oui |
Recherche avancée
Pour lancer une recherche plus contraignante via des critères spécifiques, cliquez sur le lien "Recherche avancée" situé à droite du bouton "Recherche" en mode d'affichage Carte ou Liste. La page de recherche avancée s'ouvre alors, présentant les instructions à suivre. La recherche avancée vous permet de préciser des contraintes supplémentaires lors de votre recherche, via des combinaisons particulières de champs et des recherches ou conditions utilisant la logique booléenne. Veuillez cliquer ici pour visualiser la liste complète des filtres possibles. Le filtre utilisé en recherche simple et matérialisé par le menu déroulant en haut de page ("Mes données", etc.) est également présent en recherche avancée. Les termes correspondant à chaque champs
choisi
de banque de données sont précisés dans des zones de texte, et la recherche est lancée en fonction des critères d'inclusion ou d'exclusion de ces termes, qui sont divisés selon la hiérarchie suivante: Commençant par, Exactement, Contient, in (est inclus), empty (blanc).
- "Commençant par" permet de rechercher, dans un champs particulier, les termes commençant avec le mot ou groupe de mots indiqués. Par exemple, une recherche parmi "Toutes les données" d'enregistrements dont le champs "Accepted Family" commence avec la syllabe "mu" retournera des enregistrements concernant les familles Mugilidae et Muridae (au moins).
- "Exactement" renvoie, comme on le devine aisément, les enregistrements dont le champs choisi présente exactement l'expression entrée.
- "Contient" renvoie, ou exclut, selon le critère d'exclusion/inclusion sélectionné, tous les enregistrements présentant pour le champs spécifié l'expression entrée. Par exemple la recherche des enregistrements "contenant" "lemur" dans le champs "Accepted Family" renvoie les enregistrements des familles "Lemuridae" et "Lepilemuridae" (et toutes les autres contenant le terme "lemur").
- "In" permet de lancer une recherche à partir d'expressions reliées par des virgules. Par exemple la recherche d'enregistrements pour deux genres ou davantage peut se faire en tapant "boophis,accipiter" dans "Accepted Genus" puis en cliquant sur le bouton radio "in". Tous les enregistrements concernant les genres Boophis et Accipiter sont alors affichés.
- "Empty" permet de rechercher dans la banque de données des "blancs" (valeur nulle) pour le champs spécifié. Par exemple, le critère "Empty" peut être utilisé pour rechercher tous les enregistrements dont la valeur du champs "State Province" n'a pas été précisée.
Exemple d'une recherche avancée
Si vous souhaitez exclure un genre particulier d'une recherche de famille, suivez les instructions suivantes. Cliquez sur le lien "Recherche avancée". Assurez-vous que le filtre "Toutes les données" soit sélectionné dans le menu déroulant en haut de la page. Entrez "Accepted Family" dans la zone de texte légendée "Ajouter un champs de recherche", et tapez sur "entrée". Puis entrez "Lemuridae" dans la zone de texte légendée "Inclure" apparue en-dessous de "Chercher dans Accepted Family", sélectionnez le bouton radio "Exactement" et cliquez sur le bouton "Ajouter un critère de recherche" pour valider votre premier critère. L'expression que vous avez entrée s'affiche alors dans la partie supérieure droite de la page. Entrez ensuite "Accepted Genus" dans la zone de texte légendée "Ajouter un champs de recherche", et tapez sur "entrée". Puis entrez "Eulemur" dans la zone de texte légendée "Exclure" apparue en-dessous de "Chercher dans Accepted Genus", sélectionnez le bouton radio "Exactement" et cliquez sur le bouton "Ajouter un critère de recherche" pour valider votre second critère. Les deux critères sont maintenant affichés en haut à droite de la page sous le titre "Critères de recherche".
Cliquez maintenant sur le bouton "Recherche" pour lancer la recherche avancée. Tous les enregistrements concernant la famille "Lemuridae", excepté ceux liés au genre "Eulemur" s'affichent alors (ce qui correspond, au moment où cette page d'aide est éditée, aux genres lemur, hapilemur, prolemur et varecia).
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La compilation des actualités de la J.R.S Biodiversity Foundation pour le premier semestre 2015:
- Les résultats d’une enquête indépendante sur la disponibilité et l’accessibilité des données en ligne de la JRS
- L’appel aux nouveaux candidats pour leur Board Of Trustrees
- L’attribution de financement pour 9 nouveaux projets, pour un montant de plus de $925,000
- Les actualités internes de la JRS
- La JRS Biodiversity Foundation et leurs bénéficiaires dans les médias
- Les nouvelles publications sur la biodiversité
- Les ateliers et conférences
Les Dernières Nouvelles
- Zones Potentielles pour la Conservation Marine à Madagascar
- Zombandriake, le réseau des aires marines protégées de Madagascar
- The methodological assessment report on SCENARIOS AND MODELS OF BIODIVERSITY AND ECOSYSTEM SERVICES
- Atelier technique de REBIOMA avec des experts marins et terrestres le 12 Juin et 13 Juin 2012
- Atelier de formation sur la planification spatiale en milieu marin et côtier à Madagascar