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REBIOMA

 
REseau de la BIOdiversité de MAdagascar
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Le projet REBIOMA

REBIOMA (Le réseau de la biodiversité de Madagascar)

Portail de données

Portail de données d'occurrence des espèces de Madagascar

Atlas

Atlas numérique du système des aires protégées de Madagascar

Page des experts

Page destinée aux experts et aux détenteurs de données dans le portail

 

Page d'aide du portail - Recherche de données

Introduction

A quoi sert le portail REBIOMA?
Le portail REBIOMA a été créé afin de faciliter la communication et l'échange d'informations relatives à la biodiversité de Madagascar. Il permet le partage des données de d'observation des espèces ainsi que des modèles de niches écologiques développés pour la faune et la flore de l'île, à la fois marines et terrestres.

Le projet REBIOMA est le fruit d'une coopération entre WCS-Madagascar et l'Université de Californie - Berkeley. Pour en savoir plus, le site internet du projet est consultable à l'adresse suivante: http://www.rebioma.net (le site est consultable en langue française: sélectionner "français" dans le menu en haut à droite de la page d'accueil). Pour des informations plus générales sur le projet REBIOMA, veuillez vous reporter à la page http://www.rebioma.net.

Comment ça marche?
Le portail REBIOMA est dédié au partage des données d'observation des espèces ("occurrence data"). En cliquant sur chargement des données, les données sont automatiquement testées pour validation selon leur cohérence géographique et taxonomique (via la taxonomic authority). Le fournisseur des données peut, durant la procédure de chargement, décider du degré de divulgation de ses données (public, privé, ou en partage restreint avec sélection des bénéficiants). Des indicateurs de qualité, décernés par les scientifiques en charge de la vérification et révision des données, permettent, en plus d'une information à l'usage de l'utilisateur, une sélection des données les plus pertinentes en vue d'une exploitation pour modélisation de niches écologiques ou pour évaluation de l'efficacité des mesures de conservation. L'utilisateur dispose par ailleurs de différents outils de recherche d'information mis à sa disposition par REBIOMA (voir plus loin: recherche directe simple et recherche avancée). REBIOMA propose de plus pour les espèces terrestres des modèles de niches écologiques prenant en compte différents scénarios climatiques, présent et futurs.

Quel est le rôle du Taxonomic Review Board (TRB)?

Le Taxonomic Review Board est un groupe d'experts chargés d'assurer, selon leur domaine d'expertise, l'actualisation de la référence taxonomique (Taxonomic authority) et de vérifier la qualité des données de répartition des espèces chargées sur le portail. Cette opération de contrôle, détaillée plus bas (se reporter aux sections Vérificateurs et Contrôle de la qualité des données), constitue la clé de voûte de REBIOMA. Les noms des membres du Taxonomic Review Board sont précisés ici.

Trouver un site
Si vous souhaitez accéder à un site géographique particulier, vous pouvez, en vous plaçant en mode d'affichage Carte, entrer le nom du site recherché dans la barre de recherche se trouvant sur la carte elle-même. Cliquez sur "Go" pour lancer le moteur de recherche, qui va alors explorer les noms de l'index géographique de GoogleMaps. Attention: certains noms peuvent ne pas figurer sur cet index, vouant à l'échec la recherche. D'autre part, l'index géographique ne renvoie qu'un seul emplacement pour chaque nom donné.

Recherche rapide de données d'observation
Il y a différentes façons de rechercher des données d'observation sur le portail REBIOMA. La méthode par défaut consiste à utiliser la barre de recherche située en dessous du logo "REBIOMA" qui est présente en mode d'affichage Carte ou Liste, à droite de l'inscription "Pour l'espèce". Entrez le nom latin de l'espèce désirée (genre et espèce, ou genre seulement, ou espèce seulement, comme par exemple "Lemur catta") dans la barre de recherche. Le portail retourne par défaut "Toutes les données évaluées fiables" qui correspondent au nom entré. Si aucun résultat n'est retourné, cela signifie soit qu'il n'y a pas de donnée d'observation enregistrée sur le portail pour l'espèce en question, soit qu'il n'y a pas encore d' enregistrement "Toutes les données évaluées fiables" (certifié) pour cette espèce. Ainsi, afin de trouver des enregistrements sur le portail pour certaines espèces, il peut être utile de modifier le filtre de recherche, ou bien de lancer une recherche avancée. Les deux méthodes sont décrites ci-dessous. Si vous souhaitez rechercher tous les enregistrements présents sur le portail REBIOMA (via un filtre donné de recherche), laissez simplement la barre de recherche vide.

Recherche rapide par filtre de recherche
Les filtres de recherche rapide sont très pratiques pour limiter le nombre total d'enregistrements recherchés. Quatre filtres au total peuvent être appliqués: 1) le filtre données d'observation, 2) le filtre erreur de valisation, 3) le filtre partage, et enfin 4) le filtre confidentialité. Ces filtres ne sont pas forcément tous visibles simultanément, cependant le filtre "données d'observation" reste apparent en permanence et est toujours appliqué aux recherches. C'est de plus le seul filtre visible par un utilisateur simple (c'est-à-dire anonyme). Tous les filtres, lorsqu'ils sont visibles, sont coordonnées avec le booléen "et". Ces filtres se rajoutent par ailleurs aux spécifications entrées dans la barre de recherche intitulée "commence par", suivie de celle intitulée "contient" dans le champs "Accepted Species". Enfin, l'ensemble de ces filtres et spécifications est juxtaposé à tout terme de recherche avancée s'il y en a, en utilisant encore une fois le booléen "et". Choisir par exemple l'option "Toutes les données" dans le filtre "données d'observation", puis entrer "catta" dans la barre de recherche, délivre tous les enregistrements qui contiennent le terme "catta". De la même façon, choisir l'option "Toutes les données évaluées fiables" dans le filtre de recherche "données d'observation" et entrer "Eulemur fulvus" dans la barre de recherche délivre toutes les données évaluées fiables qui commencent avec les termes "Eulemur fulvus". Veuillez vous reporter au paragraphe suivant pour un exemple de recherche avancée.

 

Le tableau ci-dessous décrit les différentes options du filtre de recherche "observations":

Filtre "données d'observation" Ce filtre cherche dans la section: Utilisateur simple Chercheur Vérificateur
Toutes les données évaluées fiables Toutes les données évaluées comme fiables oui oui oui
Toutes les données évaluées contestable Toutes les données qui n'ont pas été évaluées comme fiables oui oui oui
Toutes les données en attente d'évaluation Toutes les données qui n'ont pas encore été évaluées oui oui oui
Les données non validées Toutes les données qui n'ont pas passé la validation automatique oui oui oui
Toutes les données Toutes les données publiques oui oui oui
Mes données à évaluer Les données en attente d'évaluation par l'utilisateur     oui
Données que j'ai évaluées fiable Les données évaluées fiable par l'utilisateur     oui
Données que j'ai évaluées fiable Les données évaluées contestable par l'utilisateur     oui
Mes données évaluées fiable Les données de l'utilisateur évaluées fiable   oui oui
Mes données évaluées contestable Les données de l'utilisateur évaluées contestable   oui oui
Mes données en attente d'évaluation Les données de l'utilisateur en attente d'évaluation   oui oui
Mes données non validées Les données de l'utilisateur qui n'ont pas passé la validation automatique   oui oui
Mes données Les données à la fois publiques et privées de l'utilisateur   oui oui

 

Le filtre "erreur de validation" est utile pour trouver les enregistrements présentant des erreurs de validation
telles que décrites dans le tableau ci-dessous: 
 
Filtre "erreur de validation" Ce filtre cherche dans la section: Utilisateur simple Chercheur Vérificateur
Toutes les erreurs de validation Toutes les données présentant une erreur de validation oui oui oui
Année de collection Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de l'année de collection oui oui oui
Genre Toutes les données présentant une erreur de validation à propos du genre oui oui oui
Nom Epithète Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de l'épithète spécifique oui oui oui
Latitude Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de la latitude oui oui oui
Longitude Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de la longitude oui

oui oui
Classification taxonomique Toutes les données présentant une erreur de validation à propos de la classification taxonomique oui

oui

oui

 

Le tableau ci-dessous décrit les options du filtre "partage". Seuls les utilisateurs enregistrés sur le portail peuvent partager des données avec des collaborateurs.

Filtre "partage" Ce filtre cherche dans la section: Utilisateur simple Chercheur Vérificateur
Tous, partagés ou non Toutes les données, qu'elles soient partagées ou non   oui oui
Partagés avec moi Toutes les données partagées avec l'utilisateur   oui oui

 

Le filtre "confidentialité" s'applique uniquement aux données de l'utilisateur enregistré sur le portail, à une exception près: grâce à l'accord de partage de l'information, les vérificateurs peuvent chercher des données privées qui ne leur appartiennent pas mais qu'ils sont autorisés à évaluer, en utilisant le filtre

"My Occurrences to Review" décrit ci-dessus. Les options du filtre "confidentialité sont décrites dans le tableau ci-dessous.

Filtre "confidentialité" Ce filtre cherche dans la section: Utilisateur simple Chercheur Vérificateur
publique et privé Toutes les données de l'utilisateur, qu'elles soient partagées ou non   oui oui
publique Les données de l'utilisateur déclarées publiques uniquement   oui oui
privé Les données de l'utilisateur déclarées privées uniquement   oui oui
 

Recherche avancée

Pour lancer une recherche plus contraignante via des critères spécifiques, cliquez sur le lien "Recherche avancée" situé à droite du bouton "Recherche" en mode d'affichage Carte ou Liste. La page de recherche avancée s'ouvre alors, présentant les instructions à suivre. La recherche avancée vous permet de préciser des contraintes supplémentaires lors de votre recherche, via des combinaisons particulières de champs et des recherches ou conditions utilisant la logique booléenne. Veuillez cliquer ici pour visualiser la liste complète des filtres possibles. Le filtre utilisé en recherche simple et matérialisé par le menu déroulant en haut de page ("Mes données", etc.) est également présent en recherche avancée. Les termes correspondant à chaque champs

choisi

de banque de données sont précisés dans des zones de texte, et la recherche est lancée en fonction des critères d'inclusion ou d'exclusion de ces termes, qui sont divisés selon la hiérarchie suivante: Commençant par, Exactement, Contient, in (est inclus), empty (blanc).

  • "Commençant par" permet de rechercher, dans un champs particulier, les termes commençant avec le mot ou groupe de mots indiqués. Par exemple, une recherche parmi "Toutes les données" d'enregistrements dont le champs "Accepted Family" commence avec la syllabe "mu" retournera des enregistrements concernant les familles Mugilidae et Muridae (au moins).
  • "Exactement" renvoie, comme on le devine aisément, les enregistrements dont le champs choisi présente exactement l'expression entrée.
  • "Contient" renvoie, ou exclut, selon le critère d'exclusion/inclusion sélectionné, tous les enregistrements présentant pour le champs spécifié l'expression entrée. Par exemple la recherche des enregistrements "contenant" "lemur" dans le champs "Accepted Family" renvoie les enregistrements des familles "Lemuridae" et "Lepilemuridae" (et toutes les autres contenant le terme "lemur").
  • "In" permet de lancer une recherche à partir d'expressions reliées par des virgules. Par exemple la recherche d'enregistrements pour deux genres ou davantage peut se faire en tapant "boophis,accipiter" dans "Accepted Genus" puis en cliquant sur le bouton radio "in". Tous les enregistrements concernant les genres Boophis et Accipiter sont alors affichés.
  • "Empty" permet de rechercher dans la banque de données des "blancs" (valeur nulle) pour le champs spécifié. Par exemple, le critère "Empty" peut être utilisé pour rechercher tous les enregistrements dont la valeur du champs "State Province" n'a pas été précisée.
Pour lancer une recherche avancée, entrez le nom du premier champs où chercher, comme par exemple "Accepted Family". Une fois que voous avez trouvé le champs en question, cliquez dessus afin de permettre l'affichage des options supllémentaires. Sélectionnez les termes à rechercher, et les critères d'exclusion/inclusion correspondants. Les termes à inclure doivent être entrée dans la zone de texte de gauche, tandis que ceux à exclure doivent être entrés dans la zone de texte de droite. Puis utilisez les boutons radio pour choisir parmi les critères ("commençant par", etc.) détaillés ci-dessus. Cliquez sur le bouton "Ajouter un critère de recherche" pour prendre en compte le critère
dans votre recherche avancée. D'autres critères supplémentaires peuvent être ajoutés en suivant les mêmes instructions. Une fois que tous les critères de recherche ont été définis et confirmés, cliquez sur le bouton "Recherche" pour lancer la recherche. Veuillez vous référer à l'exemple
ci-après pour une illustration de la procédure.

Exemple d'une recherche avancée
Si vous souhaitez exclure un genre particulier d'une recherche de famille, suivez les instructions suivantes. Cliquez sur le lien "Recherche avancée". Assurez-vous que le filtre "Toutes les données" soit sélectionné dans le menu déroulant en haut de la page. Entrez "Accepted Family" dans la zone de texte légendée "Ajouter un champs de recherche", et tapez sur "entrée". Puis entrez "Lemuridae" dans la zone de texte légendée "Inclure" apparue en-dessous de "Chercher dans Accepted Family", sélectionnez le bouton radio "Exactement" et cliquez sur le bouton "Ajouter un critère de recherche" pour valider votre premier critère. L'expression que vous avez entrée s'affiche alors dans la partie supérieure droite de la page. Entrez ensuite "Accepted Genus" dans la zone de texte légendée "Ajouter un champs de recherche", et tapez sur "entrée". Puis entrez "Eulemur" dans la zone de texte légendée "Exclure" apparue en-dessous de "Chercher dans Accepted Genus", sélectionnez le bouton radio "Exactement" et cliquez sur le bouton "Ajouter un critère de recherche" pour valider votre second critère. Les deux critères sont maintenant affichés en haut à droite de la page sous le titre "Critères de recherche".

Cliquez maintenant sur le bouton "Recherche" pour lancer la recherche avancée. Tous les enregistrements concernant la famille "Lemuridae", excepté ceux liés au genre "Eulemur" s'affichent alors (ce qui correspond, au moment où cette page d'aide est éditée, aux genres lemur, hapilemur, prolemur et varecia).

JRS Biodiversity Foundation

La compilation des actualités de la J.R.S Biodiversity Foundation pour le premier semestre 2015:

  1. Les résultats d’une enquête indépendante sur la disponibilité et l’accessibilité des données en ligne de la JRS
  2. L’appel aux nouveaux candidats pour leur Board Of Trustrees
  3. L’attribution de financement pour 9 nouveaux projets, pour un montant de plus de $925,000
  4. Les actualités internes de la JRS
  5. La JRS Biodiversity Foundation et leurs bénéficiaires dans les médias
  6. Les nouvelles publications sur la biodiversité
  7. Les ateliers et conférences

January 2015 - July 2015

 

JRS News and Happenings

Dear Colleagues,

We're happy to share this compilation of news from the JRS Biodiversity Foundation and our grantees that we've posted this year.

JRS has a commitment to share what we're learning from our grantees. In that spirit, we publish the report highlighted below titled "Show me the Data."  We hope that this is the first of many such publications from JRS and we welcome your comments and ideas.

JRS REPORT RELEASE
 
Show Me the Data!
We are pleased to announce the release of a study we commissioned on the accessibility of JRS grantee data. In 2014, JRS contracted Jante LLC to conduct an independent review of expected data products from 49 JRS-funded projects. The results suggested that biodiversity information was less discoverable and accessible than hoped. However, interviews with grantees provided the framework for a set of recommendations to projects with data-sharing goals, and formed the basis for a new JRS Data Sharing Policy. Read more here.

JRS News

 

JRS Seeks New Trustees for 2016

 


 

JRS invites you to suggest candidates for our international Board of Trustees for consideration to serve in 2016-2019.  We seek talented leaders with a proven passion for JRS’ mission and expertise that combines at least two of: conservation, policy, organizational development or biodiversity informatics. Suggestions for candidates or inquires will be held in confidence and may be sent to nominations@jrsbiodiversity.org.


 

NEW GRANT ANNOUNCEMENTS
 
Welcome to the newest JRS Grantees
JRS announced nine grant awards during the second funding cycle of 2014, totaling more than $925,000 in project support and are pleased to announce our first 2015 grant to NatureServe for policy studies in South America:

Improving access to biodiversity information in Africa: Improving access to biodiversity information in Latin America: Biodiversity data policy research in Africa: Biodiversity data policy research in South America:
JRS NEWS
 
Here's what's up at JRS...

 
In January, JRS welcomed the newest board member, Souleymane Konaté, Professor in ecology at the University Nangui Abrogoua (Côte d'Ivoire). Read more about Dr. Konaté here.

Glass Pockets, the Foundation Center's initiative to promote transparency in philanthropy, featured a post by Don on their Transparency Talk blog. Read the post here.
MEDIA COVERAGE
 
Grantees in the News
Read some of the press coverage highlights of JRS Grantee activities:
  • Louis Liebenberg advocates for the use of citizen science technologies like CyberTracker in democratizing biodiversity data collection (JRS News Item)
  • Premier of "The Bat Man of Mexico" BBC documentary featuring Rodrigo Medellín covered by Tim Sohn in the New Yorker. (JRS News Item). You can also read about how Medellín's work informed a tri-national agreement to protect bats here.
  • Voice America features an interview with Joyce Poole from ElephantVoices. (JRS News Item)
  • The American Scientist blog featured a post by David C. Blackburn from the California Academy of Sciences on the need for biology education in Africa. (JRS News Item)
DATA PRODUCTS AND RELEASES
 
Making Biodiversity Data Available
JRS grantees have released a number of new data products this year, documenting both historic biodiversity, and ongoing global changes. Read about each of the projects below on the JRS news site:
CONFERENCES AND MEETINGS
 
Meetings of the (Biodiversity) Minds
Conferences and workshops advance the JRS mission by facilitating collaboration and networking of biodiversity information professionals. In May, Africa Rising: Mobilizing biodiversity data for sustainable development, funded in part by JRS, convened in Cape Town, South Africa with 100 delegates representing 21 African countries. The conference launched GBIF-led Biodiversity Information for Development, aimed at exploring ways to connect data generators to data users in the biodiversity data lifecycle (News Item).

Still upcoming is the Biodiversity Information Standards (TDWG) conference in Nairobi, Kenya (Sep 28-Oct 1). This os the first time the meeting will be held in Africa (read here), an effort supported by JRS with the goal of increasing the African voice in discussions about using biodiversity data in conservation.