REBIOMA

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Détails

Publié le mercredi 19 octobre 2011 07:23

Écrit par Andry Rakotomanjaka

Introduction

A quoi sert le portail REBIOMA?
Le portail REBIOMA a été créé afin de faciliter la communication et l'échange d'informations relatives à la biodiversité de Madagascar. Il permet le partage des données de d'observation des espèces ainsi que des modèles de niches écologiques développés pour la faune et la flore de l'île, à la fois marines et terrestres.

Le projet REBIOMA est le fruit d'une coopération entre WCS-Madagascar et l'Université de Californie - Berkeley. Pour en savoir plus, le site internet du projet est consultable à l'adresse suivante: http://www.rebioma.net (le site est consultable en langue française: sélectionner "français" dans le menu en haut à droite de la page d'accueil). Pour des informations plus générales sur le projet REBIOMA, veuillez vous reporter à la page http://www.rebioma.net.

Comment ça marche?
Le portail REBIOMA est dédié au partage des données d'observation des espèces ("occurrence data"). En cliquant sur chargement des données, les données sont automatiquement testées pour validation selon leur cohérence géographique et taxonomique (via la taxonomic authority). Le fournisseur des données peut, durant la procédure de chargement, décider du degré de divulgation de ses données (public, privé, ou en partage restreint avec sélection des bénéficiants). Des indicateurs de qualité, décernés par les scientifiques en charge de la vérification et révision des données, permettent, en plus d'une information à l'usage de l'utilisateur, une sélection des données les plus pertinentes en vue d'une exploitation pour modélisation de niches écologiques ou pour évaluation de l'efficacité des mesures de conservation. L'utilisateur dispose par ailleurs de différents outils de recherche d'information mis à sa disposition par REBIOMA (voir plus loin: recherche directe simple et recherche avancée). REBIOMA propose de plus pour les espèces terrestres des modèles de niches écologiques prenant en compte différents scénarios climatiques, présent et futurs.

Quel est le rôle du Taxonomic Review Board (TRB)?

Le Taxonomic Review Board est un groupe d'experts chargés d'assurer, selon leur domaine d'expertise, l'actualisation de la référence taxonomique (Taxonomic authority) et de vérifier la qualité des données de répartition des espèces chargées sur le portail. Cette opération de contrôle, détaillée plus bas (se reporter aux sections Vérificateurs et Contrôle de la qualité des données), constitue la clé de voûte de REBIOMA. Les noms des membres du Taxonomic Review Board sont précisés ici.

Darwin Core

Le Darwin Core est la norme de métadonnées développées pour la description et la découverte de la diversité biologique. Il fournit un ensemble d'éléments de métadonnées qui peuvent être utilisés pour décrire tous les types de ressources d'information dans le domaine de la biodiversité.  Le système Darwin Core est la norme de métadonnées développées pour la description et la découverte de la diversité biologique. Il fournit un ensemble d'éléments de métadonnées qui peuvent être utilisés pour décrire tous les types de ressources d'information dans le domaine de la biodiversité. Il comprend un glossaire de termes (i.e. champs, colonnes, attributs, ou concepts) qui eux-mêmes proposent des définitions de référence, des exemples et des commentaires. Le Darwin Core a principalement été développé autour du système des taxons, et leur organisation dans le milieu naturel tel qu'appréhendé par les observations, l'étude rapprochée de spécimens et d'échantillons. Les standards proposés par le Darwin Core sont utilisés par un grand nombre de projets scientifique, dont fait partie REBIOMA, pour structurer et normaliser le format des données biologiques qu'ils fournissent. Veuillez cliquer ici pour davantage d'informations concernant le système Darwin Core. Veuillez cliquer ici pour davantage d'informations à propos des termes du système Darwin Core (i.e. les champs). Le schémas de la de  de données REBIOMA utilise un certain nombre de ces termes, en supplément desquels REBIOMA a développé d'autres termes spécifiques décrits ci-dessous. Veuillez cliquer ici pour accéder à la liste complète des termes utilisés par REBIOMA (i.e. la base de données des noms de champs ou colonnes).

Validation des données (Data validation)

Plusieurs tests automatique évalu)tribution des espèces. En premier lieu, il est vérifié que les données respectent bien le format de référence de séparation par virgule, et que les champs requis sont bien présents, tel que le préconise la procédure décrite dans la section "Télécharger des données". Dans un second temps, afin de tester leur validité géographique, les relevés géographiques sont confrontés à un masque couvrant les zones terrestres et marines de Madagascar. Le dernier test considère la validité taxonomique des noms des espèces en les confrontant à la référence taxonomique de REBIOMA, tel que décrit ci-dessous.

Contrôle de la qualité des données (Data quality control)
REBIOMA a développé une nouvelle procédure de vérification afin d'améliorer la qualité des données mise en partage: après chargement des données, celles-ci sont envoyées à des experts qualifiés (membres du Taxonomic Review Board) afin d'être revues et évaluées sur leur qualité.

Référence taxonomique (Taxonomic authority)
La référence taxonomique de REBIOMA est une liste de noms validés (ainsi que leurs synonymes) pour décrire les espèces de Madagascar. Ainsi, lorsqu'un utilisateur charge un nouvel ensemble de données sur le portail, le nom de l'espèce observée (constitué des champs requis deGenre et SpecificEpithet, ainsi que du champs optionnel InfraspecificEpithet, voire ci-dessous pour plus d'information) est confronté aux noms contenus dans la référence taxonomique. Si le nom entré correspond à un nom connu par la référence taxonomique, ou s'il est un synonyme d'un nom connu, les données sont "validées". Dans le cas contraire, les données, bien que demeurant sur le serveur, n'obtiennent pas validation. Il est alors demandé au fournisseur des données de faire les corrections appropriées afin d'obtenir la validation de ses données. Il est possible par ailleurs d'émettre des suggestions d'ajout de nouveaux noms et synonymes dans la référence taxonomique en contactant l'équipe en charge du site internet. Pour accéder à la version actuelle de la référence taxonomique, veuillez cliquer ici.

VerbatimSpecies
Il s'agit d'un terme (ou champs) ajouté aux données d'observation des espèces téléchargées sur le portail REBIOMA. C'est un concept essentiel dans le processus de validation des données. REBIOMA déduit automatiquement la valeur du champs VerbatimSpecies en enchaînant en série les entrées des champs Genre et SpecificEpithet, ainsi que celle du champs optionnel InfraspecificEpithet s'il est précisé. Cette valeur est utilisé dans le processus de validation décrit ci-dessus.

AcceptedSpecies
Il s'agit d'un terme (ou champs) ajouté aux données d'observation des espèces téléchargées sur le portail REBIOMA. C'est un concept essentiel dans le processus de validation des données. Lorsqu'un utilisateur charge de nouvelles données, REBIOMA compare la valeur du champs VerbatimSpecies avec les valeurs d'une liste de VerbatimSpecies contenues dans la référence taxonomique de REBIOMA. Si une valeur égale est trouvée dans la liste de la référence taxonomique, la valeur du champs AcceptedSpecies correspondant, ainsi que toutes les valeurs des rangs supérieurs, sont ajoutées aux données. Ce double concept d'AcceptedSpecies et VerbatimSpecies présent dans la base de métadonnées permet l'introduction de la notion de synonyme. En effet, s'il eut y avoir plusieurs AcceptedSpecies dans la référence taxonomique (pour chaque synonyme d'une même espèce), la valeur du champs VerbatimSpecies est toujours unique.